BINPATH = ../bin

all:		$(BINPATH)/nogap $(BINPATH)/unknown $(BINPATH)/extendstem $(BINPATH)/stdpair $(BINPATH)/shiftchk  $(BINPATH)/support $(BINPATH)/grepcol  $(BINPATH)/greppos $(BINPATH)/col2psalign $(BINPATH)/col2txtalign $(BINPATH)/col2line $(BINPATH)/line2col $(BINPATH)/txt2col $(BINPATH)/col2txt $(BINPATH)/col2fasta $(BINPATH)/line2col $(BINPATH)/extendlist $(BINPATH)/ct2col $(BINPATH)/addparen $(BINPATH)/colorpos $(BINPATH)/joincol

$(BINPATH)/col2txtalign:	col2txtalign.c col.o file.o llist.o
			cc -o $(BINPATH)/col2txtalign col2txtalign.c col.o file.o llist.o

$(BINPATH)/col2psalign:	col2psalign.c col.o file.o llist.o
			cc -o $(BINPATH)/col2psalign col2psalign.c col.o file.o llist.o

$(BINPATH)/nogap:   	nogap.c col.o file.o llist.o
		cc -o $(BINPATH)/nogap nogap.c col.o file.o llist.o

$(BINPATH)/unknown:  unknown.c col.o file.o llist.o rna.o dna.o protein.o
		cc -o $(BINPATH)/unknown unknown.c col.o file.o llist.o rna.o dna.o protein.o

$(BINPATH)/extendstem:   extendstem.c col.o file.o llist.o rna.o
		cc -o $(BINPATH)/extendstem extendstem.c col.o file.o llist.o rna.o

$(BINPATH)/stdpair:  stdpair.c col.o file.o llist.o rna.o
		cc -o $(BINPATH)/stdpair stdpair.c col.o file.o llist.o rna.o

$(BINPATH)/shiftchk:  shiftchk.c col.o file.o llist.o
		cc -o $(BINPATH)/shiftchk shiftchk.c col.o file.o llist.o

$(BINPATH)/support:  support.c col.o file.o llist.o rna.o
		cc -o $(BINPATH)/support support.c col.o file.o llist.o rna.o

$(BINPATH)/grepcol:  grepcol.c col.o file.o llist.o
		cc -o $(BINPATH)/grepcol grepcol.c col.o file.o llist.o

$(BINPATH)/greppos:  greppos.c col.o file.o llist.o
		cc -o $(BINPATH)/greppos greppos.c col.o file.o llist.o

$(BINPATH)/col2line:  col2line.c col.o file.o llist.o
		cc -o $(BINPATH)/col2line col2line.c col.o file.o llist.o

$(BINPATH)/line2col:  line2col.c col.o file.o llist.o
		cc -o $(BINPATH)/line2col line2col.c col.o file.o llist.o

$(BINPATH)/txt2col:  txt2col.c file.o llist.o
		cc -o $(BINPATH)/txt2col txt2col.c file.o llist.o

$(BINPATH)/col2txt:  col2txt.c col.o file.o llist.o
		cc -o $(BINPATH)/col2txt col2txt.c col.o file.o llist.o

$(BINPATH)/col2fasta:  col2fasta.c col.o file.o llist.o
		cc -o $(BINPATH)/col2fasta col2fasta.c col.o file.o llist.o

$(BINPATH)/extendlist:  extendlist.c col.o file.o llist.o
		cc -o $(BINPATH)/extendlist extendlist.c col.o file.o llist.o

$(BINPATH)/ct2col:  ct2col.c file.o llist.o
		cc -o $(BINPATH)/ct2col ct2col.c file.o llist.o

$(BINPATH)/addparen:  addparen.c col.o file.o llist.o graph.o
		cc -o $(BINPATH)/addparen addparen.c col.o file.o llist.o graph.o

$(BINPATH)/colorpos:  colorpos.c col.o file.o llist.o
		cc -o $(BINPATH)/colorpos colorpos.c col.o file.o llist.o

$(BINPATH)/joincol:  joincol.c file.o col.o llist.o
		cc -o $(BINPATH)/joincol joincol.c file.o col.o llist.o

cmd:		cmd.c file.o llist.o
		cc -o cmd cmd.c file.o llist.o

col.o:		clib/col.c clib/col.h file.o
		cc -c clib/col.c file.o

graph.o:	clib/graph.c clib/graph.h
		cc -c clib/graph.c

file.o: 	clib/file.c clib/file.h llist.o
		cc -c clib/file.c

llist.o: 	clib/llist.c clib/llist.h
		cc -c clib/llist.c

rna.o:		clib/rna.c clib/rna.h
		cc -c clib/rna.c

dna.o:		clib/dna.c clib/dna.h
		cc -c clib/dna.c

protein.o:	clib/protein.c clib/protein.h
		cc -c clib/protein.c

phyl.o:	clib/phyl.c clib/phyl.h
		cc -c clib/phyl.c

clean:
		rm *~ *.o core
