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Rfam analysis

On these pages you find the analysis of the Rfam alignments published in:

Semiautomated improvement of RNA alignments E. S. Andersen, A. Lind-Thomsen, B. Knudsen, S. E. Kristensen, J. H. Havgaard, E. Torarinsson, N. Larsen, C. Zwieb, P. Sestoft, J. Kjems and J. Gorodkin, RNA 13:1850-1859, 2007.

The four examples presented in the paper can be downloaded here: examples_data.tar.gz (116 KB). The folder contains files before and after editing that you can inspect in SARSE. The full projects can also be downloaded for inspection of the editing and evaluation scores: examples_projects.tar.gz (132 MB)

You can download the analysed alignment (pcluster.col) or the original Rfam alignment (rfam.col). The alignments are in the column format and can thus be loaded directly in SARSE. You can also download all the files at once: Rfam_8.0_sarse.tar.gz

You can sort the Rfam alignments by: Inconsistent base pairs, Novel base pairs, Consistent base pairs

The inconsistent predictions are sorted into three groups with high (red), medium (orange) and low (green) average reliability (Av.rel.). Within each of these groups the alignments are sorted by the inconsistency score (Sin) divided by the amount of sequences in the alignment (N).

Rank	Rfam_ID	Sin/N	Av.Rel.	Plot	Download
1	RNaseP_bact_a	70.7	0.9701		pcluster.col.gz rfam.col.gz
2	RNase_MRP	33.6	0.9043		pcluster.col.gz rfam.col.gz
3	RNaseP_nuc	29.3	0.9857		pcluster.col.gz rfam.col.gz
4	S-element	26.5	0.8354		pcluster.col.gz rfam.col.gz
5	K_chan_RES	25.7	0.8609		pcluster.col.gz rfam.col.gz
6	SL2	24.5	0.8846		pcluster.col.gz rfam.col.gz
7	SSU_rRNA_5	20.3	0.8844		pcluster.col.gz rfam.col.gz
8	Alpha_RBS	19.0	0.8641		pcluster.col.gz rfam.col.gz
9	IRES_Picorna	18.7	0.8307		pcluster.col.gz rfam.col.gz
10	JEV_hairpin	15.8	0.9894		pcluster.col.gz rfam.col.gz
11	Rubella_3	14.3	0.9005		pcluster.col.gz rfam.col.gz
12	T-box	14.0	1.0000		pcluster.col.gz rfam.col.gz
13	tmRNA	13.6	0.9666		pcluster.col.gz rfam.col.gz
14	Intron_gpI	13.4	0.8838		pcluster.col.gz rfam.col.gz
15	VA	12.4	0.8731		pcluster.col.gz rfam.col.gz
16	5_8S_rRNA	12.3	0.9506		pcluster.col.gz rfam.col.gz
17	SraG	11.9	0.8058		pcluster.col.gz rfam.col.gz
18	Prion_pknot	11.9	0.8533		pcluster.col.gz rfam.col.gz
19	Tombus_3_III	11.8	0.8464		pcluster.col.gz rfam.col.gz
20	5S_rRNA	11.5	0.9595		pcluster.col.gz rfam.col.gz
21	HCV_SLVII	9.7	0.9192		pcluster.col.gz rfam.col.gz
22	Telomerase-vert	8.6	0.8081		pcluster.col.gz rfam.col.gz
23	FMN	8.0	0.9993		pcluster.col.gz rfam.col.gz
24	Vimentin3	7.0	0.9282		pcluster.col.gz rfam.col.gz
25	snoZ194	7.0	0.8726		pcluster.col.gz rfam.col.gz
26	lin-4	7.0	0.8249		pcluster.col.gz rfam.col.gz
27	IRES_Aptho	6.9	0.8685		pcluster.col.gz rfam.col.gz
28	SNORA30	6.9	0.8639		pcluster.col.gz rfam.col.gz
29	U12	6.9	0.8618		pcluster.col.gz rfam.col.gz
30	snopsi28S-1192	6.6	0.8289		pcluster.col.gz rfam.col.gz
31	Flavivirus_DB	5.7	0.9439		pcluster.col.gz rfam.col.gz
32	BTE	5.6	0.9283		pcluster.col.gz rfam.col.gz
33	SCARNA4	5.5	0.9174		pcluster.col.gz rfam.col.gz
34	SNORA15	5.5	0.9083		pcluster.col.gz rfam.col.gz
35	mir-130	5.3	0.8878		pcluster.col.gz rfam.col.gz
36	snoR31_Z110_Z27	4.5	0.8132		pcluster.col.gz rfam.col.gz
37	SNORD62	4.4	0.8184		pcluster.col.gz rfam.col.gz
38	Corona_FSE	3.9	0.8208		pcluster.col.gz rfam.col.gz
39	RydC	3.6	0.9097		pcluster.col.gz rfam.col.gz
40	snosnR69	3.6	0.9090		pcluster.col.gz rfam.col.gz
41	mir-34	3.5	0.8814		pcluster.col.gz rfam.col.gz
42	mir-395	3.5	0.8132		pcluster.col.gz rfam.col.gz
43	SNORD31	3.3	0.8144		pcluster.col.gz rfam.col.gz
44	mir-135	3.1	0.9751		pcluster.col.gz rfam.col.gz
45	Flavi_CRE	3.0	0.8595		pcluster.col.gz rfam.col.gz
46	U1	3.0	0.9321		pcluster.col.gz rfam.col.gz
47	mir-10	2.8	0.8100		pcluster.col.gz rfam.col.gz
48	SNORD38	2.8	0.8040		pcluster.col.gz rfam.col.gz
49	mir-1	2.7	0.9391		pcluster.col.gz rfam.col.gz
50	snoZ199	2.4	0.9250		pcluster.col.gz rfam.col.gz
51	SNORD46	2.2	0.8238		pcluster.col.gz rfam.col.gz
52	TPP	2.0	1.0000		pcluster.col.gz rfam.col.gz
53	SECIS	2.0	0.9992		pcluster.col.gz rfam.col.gz
54	U2	2.0	0.9533		pcluster.col.gz rfam.col.gz
55	Entero_5_CRE	2.0	0.9827		pcluster.col.gz rfam.col.gz
56	SNORD21	1.9	0.8099		pcluster.col.gz rfam.col.gz
57	Cobalamin	1.9	0.9622		pcluster.col.gz rfam.col.gz
58	mir-399	1.9	0.9564		pcluster.col.gz rfam.col.gz
59	mir-26	1.8	0.8831		pcluster.col.gz rfam.col.gz
60	Hammerhead_1	1.7	0.8585		pcluster.col.gz rfam.col.gz
61	mir-2	1.7	0.8330		pcluster.col.gz rfam.col.gz
62	mir-156	1.6	0.8058		pcluster.col.gz rfam.col.gz
63	PrrB_RsmZ	1.2	0.9308		pcluster.col.gz rfam.col.gz
64	Intron_gpII	0.9	0.8722		pcluster.col.gz rfam.col.gz
65	CopA	0.8	0.8243		pcluster.col.gz rfam.col.gz
66	SNORD113	0.7	0.8374		pcluster.col.gz rfam.col.gz
67	U4	0.6	0.8543		pcluster.col.gz rfam.col.gz
68	HIV_FE	0.4	0.8478		pcluster.col.gz rfam.col.gz
69	HCV_SLIV	0.4	0.9501		pcluster.col.gz rfam.col.gz
70	Glycine	0.2	0.9009		pcluster.col.gz rfam.col.gz
71	U6	0.2	0.8160		pcluster.col.gz rfam.col.gz
72	IRES_n-myc	36.9	0.7011		pcluster.col.gz rfam.col.gz
73	RRE	29.9	0.7187		pcluster.col.gz rfam.col.gz
74	ApoB_5_CRE	28.0	0.6677		pcluster.col.gz rfam.col.gz
75	SNORA64	27.1	0.7973		pcluster.col.gz rfam.col.gz
76	SCARNA11	25.1	0.6979		pcluster.col.gz rfam.col.gz
77	IRES_HCV	24.8	0.7610		pcluster.col.gz rfam.col.gz
78	IFN_gamma	22.4	0.7471		pcluster.col.gz rfam.col.gz
79	SNORA48	21.9	0.6352		pcluster.col.gz rfam.col.gz
80	Spi-1	21.5	0.6043		pcluster.col.gz rfam.col.gz
81	SCARNA16	19.9	0.7099		pcluster.col.gz rfam.col.gz
82	SNORA67	19.4	0.6639		pcluster.col.gz rfam.col.gz
83	Thr_leader	18.3	0.7364		pcluster.col.gz rfam.col.gz
84	HepE_CRE	16.6	0.7481		pcluster.col.gz rfam.col.gz
85	RtT	16.1	0.6697		pcluster.col.gz rfam.col.gz
86	snopsi18S-1377	15.6	0.7794		pcluster.col.gz rfam.col.gz
87	SNORA42	15.1	0.7175		pcluster.col.gz rfam.col.gz
88	CsrC	14.8	0.6187		pcluster.col.gz rfam.col.gz
89	7SK	14.8	0.6185		pcluster.col.gz rfam.col.gz
90	IRES_Cx43	14.8	0.6816		pcluster.col.gz rfam.col.gz
91	SNORA17	14.2	0.7158		pcluster.col.gz rfam.col.gz
92	IRES_Hsp70	13.6	0.6542		pcluster.col.gz rfam.col.gz
93	DsrA	13.0	0.7243		pcluster.col.gz rfam.col.gz
94	snoR71	12.8	0.6846		pcluster.col.gz rfam.col.gz
95	U8	12.7	0.7485		pcluster.col.gz rfam.col.gz
96	Leu_leader	11.7	0.7302		pcluster.col.gz rfam.col.gz
97	SNORA35	11.6	0.6424		pcluster.col.gz rfam.col.gz
98	SNORA55	11.5	0.6410		pcluster.col.gz rfam.col.gz
99	SNORA51	11.5	0.6999		pcluster.col.gz rfam.col.gz
100	SNORD67	11.1	0.6154		pcluster.col.gz rfam.col.gz
101	snoMBI-1	10.9	0.6073		pcluster.col.gz rfam.col.gz
102	sroC	10.7	0.7651		pcluster.col.gz rfam.col.gz
103	SNORA2	10.6	0.7522		pcluster.col.gz rfam.col.gz
104	satBaMV_CRE	10.5	0.7824		pcluster.col.gz rfam.col.gz
105	HgcC	10.5	0.7256		pcluster.col.gz rfam.col.gz
106	U3	10.0	0.6903		pcluster.col.gz rfam.col.gz
107	SNORA73	9.7	0.7569		pcluster.col.gz rfam.col.gz
108	SNORA12	9.5	0.7939		pcluster.col.gz rfam.col.gz
109	SNORA70	9.0	0.6991		pcluster.col.gz rfam.col.gz
110	IS102	8.9	0.7117		pcluster.col.gz rfam.col.gz
111	Entero_OriR	8.6	0.6741		pcluster.col.gz rfam.col.gz
112	ylbH	8.0	0.6913		pcluster.col.gz rfam.col.gz
113	SNORA25	7.4	0.6055		pcluster.col.gz rfam.col.gz
114	SNORA7	7.2	0.7588		pcluster.col.gz rfam.col.gz
115	SNORA43	7.1	0.6242		pcluster.col.gz rfam.col.gz
116	RNaseP_bact_b	6.4	0.7957		pcluster.col.gz rfam.col.gz
117	Trp_leader	6.1	0.7859		pcluster.col.gz rfam.col.gz
118	SNORD66	6.1	0.6816		pcluster.col.gz rfam.col.gz
119	rydB	6.1	0.7668		pcluster.col.gz rfam.col.gz
120	SNORA26	6.0	0.6388		pcluster.col.gz rfam.col.gz
121	Qrr	5.8	0.7228		pcluster.col.gz rfam.col.gz
122	Lysine	5.7	0.7076		pcluster.col.gz rfam.col.gz
123	ctRNA_pT181	5.4	0.6511		pcluster.col.gz rfam.col.gz
124	RNaseP_arch	5.3	0.6687		pcluster.col.gz rfam.col.gz
125	RsmY	5.3	0.7510		pcluster.col.gz rfam.col.gz
126	UnaL2	5.2	0.7703		pcluster.col.gz rfam.col.gz
127	Pospi_RY	5.0	0.6220		pcluster.col.gz rfam.col.gz
128	RprA	5.0	0.7221		pcluster.col.gz rfam.col.gz
129	snoZ13_snr52	4.9	0.6157		pcluster.col.gz rfam.col.gz
130	Retroviral_psi	4.8	0.7097		pcluster.col.gz rfam.col.gz
131	SRP_euk_arch	4.8	0.7958		pcluster.col.gz rfam.col.gz
132	SNORD50	4.7	0.7802		pcluster.col.gz rfam.col.gz
133	mir-101	4.7	0.7160		pcluster.col.gz rfam.col.gz
134	sroD	4.5	0.6202		pcluster.col.gz rfam.col.gz
135	mir-133	4.5	0.7563		pcluster.col.gz rfam.col.gz
136	Corona_pk3	4.5	0.7200		pcluster.col.gz rfam.col.gz
137	snoR66	4.5	0.7466		pcluster.col.gz rfam.col.gz
138	SNORA61	4.2	0.7077		pcluster.col.gz rfam.col.gz
139	mir-8	3.7	0.7910		pcluster.col.gz rfam.col.gz
140	Rhino_CRE	3.6	0.7631		pcluster.col.gz rfam.col.gz
141	SNORA40	3.3	0.6127		pcluster.col.gz rfam.col.gz
142	SNORA41	3.2	0.7941		pcluster.col.gz rfam.col.gz
143	SCARNA25	3.0	0.7617		pcluster.col.gz rfam.col.gz
144	SCARNA8	3.0	0.6500		pcluster.col.gz rfam.col.gz
145	mir-194	3.0	0.7579		pcluster.col.gz rfam.col.gz
146	Rota_CRE	2.9	0.7159		pcluster.col.gz rfam.col.gz
147	ykoK	2.8	0.7105		pcluster.col.gz rfam.col.gz
148	mir-BART1	2.8	0.6996		pcluster.col.gz rfam.col.gz
149	snoZ50	2.6	0.6481		pcluster.col.gz rfam.col.gz
150	SNORA74	2.4	0.6106		pcluster.col.gz rfam.col.gz
151	sar	2.4	0.6069		pcluster.col.gz rfam.col.gz
152	SNORA18	2.4	0.6049		pcluster.col.gz rfam.col.gz
153	SNORA71	2.3	0.7021		pcluster.col.gz rfam.col.gz
154	snoR43	2.3	0.6756		pcluster.col.gz rfam.col.gz
155	SL1	2.2	0.6369		pcluster.col.gz rfam.col.gz
156	SNORD64	2.1	0.6309		pcluster.col.gz rfam.col.gz
157	mir-92	2.1	0.6535		pcluster.col.gz rfam.col.gz
158	ctRNA_p42d	2.0	0.7648		pcluster.col.gz rfam.col.gz
159	snoU83B	1.4	0.7032		pcluster.col.gz rfam.col.gz
160	sroE	1.3	0.6744		pcluster.col.gz rfam.col.gz
161	Antizyme_FSE	1.2	0.7319		pcluster.col.gz rfam.col.gz
162	SNORD115	1.2	0.6373		pcluster.col.gz rfam.col.gz
163	HDV_ribozyme	1.2	0.6003		pcluster.col.gz rfam.col.gz
164	mir-219	1.2	0.6798		pcluster.col.gz rfam.col.gz
165	SNORD116	1.1	0.6604		pcluster.col.gz rfam.col.gz
166	TAR	1.1	0.7254		pcluster.col.gz rfam.col.gz
167	SNORD18	0.9	0.6845		pcluster.col.gz rfam.col.gz
168	snoCD11	0.8	0.6150		pcluster.col.gz rfam.col.gz
169	mir-160	0.7	0.6538		pcluster.col.gz rfam.col.gz
170	SNORD52	0.7	0.7239		pcluster.col.gz rfam.col.gz
171	S15	0.7	0.7606		pcluster.col.gz rfam.col.gz
172	SCARNA24	0.4	0.6579		pcluster.col.gz rfam.col.gz
173	IBV_D-RNA	0.3	0.7914		pcluster.col.gz rfam.col.gz
174	SNORD14	0.3	0.6116		pcluster.col.gz rfam.col.gz
175	HepC_CRE	0.2	0.7668		pcluster.col.gz rfam.col.gz
176	tRNA	0.1	0.6032		pcluster.col.gz rfam.col.gz
177	IRES_c-sis	62.2	0.5016		pcluster.col.gz rfam.col.gz
178	IRES_L-myc	59.2	0.5918		pcluster.col.gz rfam.col.gz
179	IRES_VEGF_A	51.0	0.5689		pcluster.col.gz rfam.col.gz
180	IRES_TrkB	39.9	0.5396		pcluster.col.gz rfam.col.gz
181	IRES_c-myc	36.0	0.5643		pcluster.col.gz rfam.col.gz
182	IRES_HIF1	22.9	0.5801		pcluster.col.gz rfam.col.gz
183	IRES_IGF2	20.6	0.5797		pcluster.col.gz rfam.col.gz
184	IRES_KSHV	17.5	0.4370		pcluster.col.gz rfam.col.gz
185	speF	14.0	0.5846		pcluster.col.gz rfam.col.gz
186	SNORD17	13.4	0.4794		pcluster.col.gz rfam.col.gz
187	SCARNA6	13.4	0.5966		pcluster.col.gz rfam.col.gz
188	IRES_FGF1	12.8	0.5329		pcluster.col.gz rfam.col.gz
189	snoZ242	11.4	0.5192		pcluster.col.gz rfam.col.gz
190	CTV_rep_sig	10.0	0.4543		pcluster.col.gz rfam.col.gz
191	snoZ206	9.9	0.5498		pcluster.col.gz rfam.col.gz
192	IRES_Cx32	9.3	0.4659		pcluster.col.gz rfam.col.gz
193	SNORA22	8.7	0.4838		pcluster.col.gz rfam.col.gz
194	RNAIII	8.5	0.5925		pcluster.col.gz rfam.col.gz
195	Retro_dr1	8.5	0.5513		pcluster.col.gz rfam.col.gz
196	IRES_Kv1_4	8.0	0.5722		pcluster.col.gz rfam.col.gz
197	traJ_5	7.0	0.5818		pcluster.col.gz rfam.col.gz
198	IRES_mnt	6.8	0.5656		pcluster.col.gz rfam.col.gz
199	IRES_Tobamo	6.7	0.4774		pcluster.col.gz rfam.col.gz
200	SNORA29	6.5	0.5425		pcluster.col.gz rfam.col.gz
201	p27_CRE	6.2	0.3847		pcluster.col.gz rfam.col.gz
202	SCARNA23	6.1	0.5709		pcluster.col.gz rfam.col.gz
203	SNORD71	6.0	0.4257		pcluster.col.gz rfam.col.gz
204	IRES_EBNA	5.4	0.5383		pcluster.col.gz rfam.col.gz
205	SNORA24	5.4	0.4799		pcluster.col.gz rfam.col.gz
206	IS128	5.2	0.4305		pcluster.col.gz rfam.col.gz
207	SNORA9	5.0	0.5819		pcluster.col.gz rfam.col.gz
208	SNORA52	4.8	0.3995		pcluster.col.gz rfam.col.gz
209	SNORA27	4.7	0.5929		pcluster.col.gz rfam.col.gz
210	Hairpin	4.6	0.5757		pcluster.col.gz rfam.col.gz
211	SNORA68	4.6	0.4812		pcluster.col.gz rfam.col.gz
212	SNORA20	4.5	0.5146		pcluster.col.gz rfam.col.gz
213	bicoid_3	4.4	0.4394		pcluster.col.gz rfam.col.gz
214	ryfA	4.2	0.5213		pcluster.col.gz rfam.col.gz
215	C0719	4.0	0.4964		pcluster.col.gz rfam.col.gz
216	SNORA72	3.9	0.5725		pcluster.col.gz rfam.col.gz
217	snoR639	3.7	0.4663		pcluster.col.gz rfam.col.gz
218	HACA_sno_Snake	3.7	0.5846		pcluster.col.gz rfam.col.gz
219	rncO	3.6	0.4557		pcluster.col.gz rfam.col.gz
220	snoTBR17	3.6	0.3581		pcluster.col.gz rfam.col.gz
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222	snopsi28S-3316	3.4	0.5729		pcluster.col.gz rfam.col.gz
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Last updated November 5th, 2007 by E. S. Andersen, A. Lind-Thomsen and J. Gorodkin