Non-Coding RNA Search

Ss1.1-Pig4-TMW8036G13.5

Sequence:


               
               GAGGAAGAAGTTTCTGTGGTTGAAAATGGAAAAGTTACCTAAATTGATTTTGCAAGATCA
GGAAAGTCTTCCCAGAAGAAAATGGCATCGAAGCTGACAGTGTCTCCTGATAAGGAAAGC
TTCTATTTGGTTATGAGCTTTTTTAGGTTTGATTTGGAAATATGTTTAAACTTCCACTTT
TAGGAGAATATTGATAACGGATTATAAAGTTGCTTTGCTTAGCAGGTCATGCTACATGAA
ATATTTTCTATTCATTCCACAAAACCATGCCTAATTTGGTATAAAATTTGAAAAATAGAG
CATACCTTGAATTTTCAATTGTGAAAAAAAAATTCTCTTCTTCAACATTAAACATTTTAT
AGGACTATGCAGAAAGGGTGAAATTGTTAAAATGAATGTAGGAACATACTTTTTAGGGAG
ATGGTGTGGATAAATTTTCCTTGAAGGATATGTAGTTTGACTAAGAAATAGTTTTCCCAA
GGGGGCAGAAATCTGATCAGTTTTCCAACTATTTGAATTCCAATGTGGGCAAAGATTTGA
AAGTCTCTGTATCAGTAGGCCCTTATTCTTTGCTTTGATACGTTATTGGAAAAAATTAGT
TGATTTATTACCGTGTATTTCCTAATTCCAAATTTCGTATCAGTCTACTAAGATGGGTTG
CTTTGTTTAATTGATAAGGAAGATATTTTACACAAAAATATTTTTGTCATTGTAATTGCA
CAGTGATTTCCATTAGGAATTTTAACTTTGATTGATAGCTTTTCCTAAACTTTTAATATC
TACAAAAATATGAACCTTTGACTTATTTTTATTGTTATAATAGTATACAGCACATAAATA
GAGTGTCTGCTACACTACTACATACTACTGTGCTAAGCCTGTTAAATGAATGATTTCACT
CAGTTTTCATACCAATGGTTAGAATAGGTACCATCGTTATCTCCATTTATAGATAAGGAA
GTTCTGAGACTAAGAAAGGTTAAGGCTCTTGCATAAAGTCACACAGCTAGTTAAGTAGCA
TAACAACTTTTCATCAGGGTTCCTCCCTCCCACCTTTCCTCCCTTTCTTTCTTCCTTCCT
CCCTTCCTTCCTTATTAACCTACAACCATTATGTTAGTTCCAGGTGCATAACATAGTGAT
TTGATATTTCTGTCATCAGGGGTT------------------------------------
------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------
------------------------------------GTGGGGACAAAATCACCCCTAGTT
GTGAACCACCTTTTTTTTTTTTTTAATTTTAGATTAAGGTATAGTTTATTCACAATATTA
TTTATGTTTCAGATGTACAACATAGTGATTCACAAATTTAAAAGGTTACACTTCATTTAG
AGTTTTTACAAAATATTGGCTATATTCCCTGTGCTGTATAATATATCCTTATAGCTTATT
TATTTTATACATATTAGTTTGTACCTCTTAATCCCTTACCCCTATCTT

Sequence:

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Blue-coloured subsequences are predicted RNA structures by RNAz


               
               GAGGAAGAAGTTTCTGTGGTTGAAAATGGAAAAGTTACCTAAATTGATTTTGCAAGATCA
GGAAAGTCTTCCCAGAAGAAAATGGCATCGAAGCTGACAGTGTCTCCTGATAAGGAAAGC
TTCTATTTGGTTATGAGCTTTTTTAGGTTTGATTTGGAAATATGTTTAAACTTCCACTTT
TAGGAGAATATTGATAACGGATTATAAAGTTGCTTTGCTTAGCAGGTCATGCTACATGAA
ATATTTTCTATTCATTCCACAAAACCATGCCTAATTTGGTATAAAATTTGAAAAATAGAG
CATACCTTGAATTTTCAATTGTGAAAAAAAAATTCTCTTCTTCAACATTAAACATTTTAT
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TGATTTATTACCGTGTATTTCCTAATTCCAAATTTCGTATCAGTCTACTAAGATGGGTTG
CTTTGTTTAATTGATAAGGAAGATATTTTACACAAAAATATTTTTGTCATTGTAATTGCA
CAGTGATTTCCATTAGGAATTTTAACTTTGATTGATAGCTTTTCCTAAACTTTTAATATC
TACAAAAATATGAACCTTTGACTTATTTTTATTGTTATAATAGTATACAGCACATAAATA
GAGTGTCTGCTACACTACTACATACTACTGTGCTAAGCCTGTTAAATGAATGATTTCACT
CAGTTTTCATACCAATGGTTAGAATAGGTACCATCGTTATCTCCATTTATAGATAAGGAA
GTTCTGAGACTAAGAAAGGTTAAGGCTCTTGCATAAAGTCACACAGCTAGTTAAGTAGCA
TAACAACTTTTCATCAGGGTTCCTCCCTCCCACCTTTCCTCCCTTTCTTTCTTCCTTCCT
CCCTTCCTTCCTTATTAACCTACAACCATTATGTTAGTTCCAGGTGCATAACATAGTGAT
TTGATATTTCTGTCATCAGGGGTT------------------------------------
------------------------------------------------------------
------------------------------------------------------------
------------------------------------GTGGGGACAAAATCACCCCTAGTT
GTGAACCACCTTTTTTTTTTTTTTAATTTTAGATTAAGGTATAGTTTATTCACAATATTA
TTTATGTTTCAGATGTACAACATAGTGATTCACAAATTTAAAAGGTTACACTTCATTTAG
AGTTTTTACAAAATATTGGCTATATTCCCTGTGCTGTATAATATATCCTTATAGCTTATT
TATTTTATACATATTAGTTTGTACCTCTTAATCCCTTACCCCTATCTT

Aligned organism(s): 1 entry(ies)

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Aligned organism(s): 1 entry(ies)

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               1206-1414, gnl|bosTau2|chr1 (20582138-20581933)

Aligned organism(s): 1 entry(ies)

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PigEST conread start position and end position of the aligned locus,
aligned organism with chromosome (chromosome position)
closely related Artiodactyla cow is linked to the PigEST - Genome Map


               
               1206-1414, gnl|bosTau2|chr1 (20582138-20581933)