Non-Coding RNA Search

Ss1.1-Pig1-98F05.5.5

Sequence:


               
               TGAAAAGATGTTTTGTTACAGATACTTGTTTAAAAAATAAACTCCAGAAGTGGAACATTG
GTTAATAGTGAGCTTTAACTACCTTTAAAAGGATTCAAGCAAATTTAAAAATCTGGCCTT
TGGTATGACACAAGAAGTATTAAAGGAAAAGAAAAATCACATAAGTGTTAAAAATTCCAT
CAGCAGGTTTGGAGGATGGAGTTATTGAGGGATGCTGATTTTATGTACATGAGGGTGTGG
TGGGATTGATTTGTGTGTCTGCCTCCATGCCCCCCCCCTTTTTTTTCAAGCAAATTTCTA
TACCAAAAGCACATGGTGTATATTTTGTTCTTTGTGTGTTTATAGTATTTAAACAATAAA
TGAATTGGGGATTTGTTAATGGGGGTGTTAAGAGTTGTGGCTGCTCTCTTTGTGGAAGAG
AAAAACAAAATGAAGTTAATGCACTTCTTTTCCTAGCTAAAGTCACTGTGATGTATATTT
TTTTAATGAAATTTAGGAATAAAGCTGTTGTTGCAATTGTATAATTAGTTTCAAAATGCT
GCTTCTCTTATTAGTTTAGTAACTGTTTTCTGCAAATTGCATTTTACAGAATTTAAACTC
AAAACTGTATCAACTTTTATAGTTAAACATTGTATTAAATAAACTATACTATAATAAAGT
TTGTTTTTGTATTTTTTTAATTATTGTATTAGCTTATTCAGCCTTTATTAAAAACTAAAT
AATGATAAATCCATTAAGATACTACTTTAATTTTACACATAGGGTTACAGAGTTTGTATT
AGGAAAAAACTGAGCAATGAGTTTAACAGTGCTTATCTTCTTTAAGAATTTAGCCAGTAG
TGACAATTTCCAGGTTTAGGAATAAGTTCTAGTGTAATTGTTTAATCCTAATGCTTCAGG
TTGCAGTGTGTCTTTTGCCTTAGCAAACTTTTAAGGTTATACTTGGAATTTGCATTACTA
TCTACTGGAATGTTACCCTTTTGCTTTTTAATTCCTCCAAATTTCTCAGCATTGGGAACA
CTGTATTATATTCTGTGCCTGCCAGTTTTAATATAACACCATTGTAAAGCCATATAAATG
TTAATTGAGTTTTGTAAAACAGATTGTCTAGTTTTTGGTTTCTTGTTTTAATTTAAATTA
GACATATTTAGGGAAAATGAACCTAGTTAACATGAGAGTTAGTCGCTGAAAATATATATG
CTTAAGTAAAAATGTTCTGACCATTCAGTGGTTTGTATGTTTTAGGTGATTATTAAACTC
TCAAATTCTGGAGTGTTTTTAAATGTTTTATTTAGCCAAGAGAATATGTAAAATGTGAGT
GCTTCATATGGACCGTGCCAATTGTGTATTAAAACA

Sequence:

Distiller database | Help | Less info

Blue-coloured subsequences are predicted RNA structures by RNAz


               
               TGAAAAGATGTTTTGTTACAGATACTTGTTTAAAAAATAAACTCCAGAAGTGGAACATTG
GTTAATAGTGAGCTTTAACTACCTTTAAAAGGATTCAAGCAAATTTAAAAATCTGGCCTT
TGGTATGACACAAGAAGTATTAAAGGAAAAGAAAAATCACATAAGTGTTAAAAATTCCAT
CAGCAGGTTTGGAGGATGGAGTTATTGAGGGATGCTGATTTTATGTACATGAGGGTGTGG
TGGGATTGATTTGTGTGTCTGCCTCCATGCCCCCCCCCTTTTTTTTCAAGCAAATTTCTA
TACCAAAAGCACATGGTGTATATTTTGTTCTTTGTGTGTTTATAGTATTTAAACAATAAA
TGAATTGGGGATTTGTTAATGGGGGTGTTAAGAGTTGTGGCTGCTCTCTTTGTGGAAGAG
AAAAACAAAATGAAGTTAATGCACTTCTTTTCCTAGCTAAAGTCACTGTGATGTATATTT
TTTTAATGAAATTTAGGAATAAAGCTGTTGTTGCAATTGTATAATTAGTTTCAAAATGCT
GCTTCTCTTATTAGTTTAGTAACTGTTTTCTGCAAATTGCATTTTACAGAATTTAAACTC
AAAACTGTATCAACTTTTATAGTTAAACATTGTATTAAATAAACTATACTATAATAAAGT
TTGTTTTTGTATTTTTTTAATTATTGTATTAGCTTATTCAGCCTTTATTAAAAACTAAAT
AATGATAAATCCATTAAGATACTACTTTAATTTTACACATAGGGTTACAGAGTTTGTATT
AGGAAAAAACTGAGCAATGAGTTTAACAGTGCTTATCTTCTTTAAGAATTTAGCCAGTAG
TGACAATTTCCAGGTTTAGGAATAAGTTCTAGTGTAATTGTTTAATCCTAATGCTTCAGG
TTGCAGTGTGTCTTTTGCCTTAGCAAACTTTTAAGGTTATACTTGGAATTTGCATTACTA
TCTACTGGAATGTTACCCTTTTGCTTTTTAATTCCTCCAAATTTCTCAGCATTGGGAACA
CTGTATTATATTCTGTGCCTGCCAGTTTTAATATAACACCATTGTAAAGCCATATAAATG
TTAATTGAGTTTTGTAAAACAGATTGTCTAGTTTTTGGTTTCTTGTTTTAATTTAAATTA
GACATATTTAGGGAAAATGAACCTAGTTAACATGAGAGTTAGTCGCTGAAAATATATATG
CTTAAGTAAAAATGTTCTGACCATTCAGTGGTTTGTATGTTTTAGGTGATTATTAAACTC
TCAAATTCTGGAGTGTTTTTAAATGTTTTATTTAGCCAAGAGAATATGTAAAATGTGAGT
GCTTCATATGGACCGTGCCAATTGTGTATTAAAACA

Aligned organism(s): 2 entry(ies)

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Aligned organism(s): 2 entry(ies)

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               1-1354, gnl|bosTau2|chr2 (18928168-18929546)
               

               
               1-1354, gnl|Hg17|chr2 (170322722-170324127)

Aligned organism(s): 2 entry(ies)

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PigEST conread start position and end position of the aligned locus,
aligned organism with chromosome (chromosome position)
closely related Artiodactyla cow is linked to the PigEST - Genome Map


               
               1-1354, gnl|bosTau2|chr2 (18928168-18929546)
               

               
               1-1354, gnl|Hg17|chr2 (170322722-170324127)

Expressed library(ies): 8 entry(ies)

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Expressed library(ies): 8 entry(ies)

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               ret (0.3862)
               

               
               tra (0.246184)
               

               
               fco (0.157208)
               

               
               liv (0.146284)
               

               
               hyp (0.142837)
               

               
               pgl (0.118483)
               

               
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               eje (0.0988338)

Expressed library(ies): 8 entry(ies)

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Short name of the library (expression score),
see https://rth.dk/resources/pigest/download/pigest_kvl_1.0.1/cDNA_names.html for library description


               
               ret (0.3862)
               

               
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               eje (0.0988338)

	1-1354, gnl\|bosTau2\|chr2 (18928168-18929546)
	1-1354, gnl\|Hg17\|chr2 (170322722-170324127)

	ret (0.3862)
	tra (0.246184)
	fco (0.157208)
	liv (0.146284)
	hyp (0.142837)
	pgl (0.118483)
	ebs (0.118301)
	eje (0.0988338)