Non-Coding RNA Search

Ss1.1-Pig4-TMW8023A05.3

Sequence:


               
               GAGACTCTGTTTTTAGACTAGAGCAGAAATCTGGGGTGTATTTTTTTCCCTTTTCTGTAG
TATCAATCATTTTTTGCCTTTAGGGCCCCAAACTGATGACTTACATGTTAATACACAGAA
TGGCCTATGACTTAGATTTGTATTATCTCTCATTTTATACAGCCATTGACTGGAAATATC
CAAAGATAAATTGTTATACCATTTCTAACTTGAAAGTAAAGAATAGATCTACTTTTGTAA
AGGTCACAGAATGTAGAATTTTGAAGTATATGTACCAAGATACGGAGTATATTCCATTTA
AATTATTTGTGTCAAAGATAAATGTGTGTCTGTTTTGCCCTAAAAAGTACCTTACACATT
CAGTCATTTTTTTCTATCACAAAAGTTCAGTTAAAAAATGATAGGAATTTGGTCATGATG
ATTGTTGTACAGCTATAAATGTAATAAAATTCATTGAGTAATTTTGAAAAATTGGAAAAA
AAATGATAGGAAAACTTTTTATTTGTTGTATTTTAAAATTTGATTTTTGCCTAAGTTTAG
TTTTTCTCAATAAACTCATCGATGATGTCACTATCCCTCATGATACCAAGTTCTCTCTTT
TCAGTTCAGAATAGCTTGAATTTTGGTGCACATTTTTTGCTGTTTTAAGACCAAGTTAAA
GTAGCCTTATATCAAAGGTAGCCTTATGTGGAGAGCCTTATTGCAAAGATTTTAGAGTAT
TTAATTTCTAGTATTTTTTCTAGAATTCAGAATCTTGGGTATTTCTGGACATATGTGAAC
TTTGAGACGAGTTCTCTAGTTATGGGTAAAAATACGTTAAGCACACTGAGAATGTCTTTA
CACTNTCAGACATTTGTATTCGTGTTAAGTAAAGTTATACCTCAGTTTTTTTGTTGATTT
TTGTACTGTCATATGATAAAGTTCACAAGTGGATAAATTGCTATGTATGTGTGTGAAGAA
GATACTTGCCTTAAAATAGAGCACTTCTGTTTTGCAAACAGCCTATGGTCAAATCATCTT
TCCAGTGACTCATATATCTGTGTGCCTGGTGACTGTAGGCCTGATAAAGTCCATGGAGGT
GAAAAAGAAGATGAATGTCTTTTCAGTGTTAATATCTGAACCTGGATTAAAAAGTATCTT
GAACATGTAAAGATTTAATGGAAAAAATTATATGTGTGTTATGTGGCATTTACTGCTAAA
GGTAGCAAATGATCGAACAGATAAAATGTCTGTTGTTTTCACCATTATTTTCATTGATCC
TATTCTCAATGGGAGCAGTGATTTTAAAATATGTGTATAGCCAGTTCTGCTATATGGTCT
ATACTTCTACTATGTATACGTAACTACTGCTTATTGTCATCATTAATGGCCATCGTGTAT
GTCACAGAGAGATCAGATGTACCATCTACCAATAGGCACGGTAATTTGGATAGTGAAGAT
TATATCATAGTTTGGGATTAAAGGTAAAAGTTTTATTGTTTAGTAGCTCTTTTAGGAATG
ATGGTTTAAATGGACATTGCTTTTATCTTCTAATAAAAACATTCTTAAAATCAGCTCAAT
TTATGTGGCATCATTTTGTTTTCTACTTTAATAGGGGATTAGTAAAGTGTGTAATCATAT
GAGTCATAGCTTTTTTATTCAGCTATATGACTTATGTATTTATGTCAGATCTTCAGTAGT
ACATATAAATGTGCATCAGATATTTAATTAGTGGTTTCTTTAGTCCTTAAGGAAATAATA
TTTTATAAAAAATTTTCGTTATGATGAACATGTATGTATATCTGAAAAAAACCTGTACAA
CCTGACCATTTGAATAGCTAATAA

Sequence:

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Blue-coloured subsequences are predicted RNA structures by RNAz


               
               GAGACTCTGTTTTTAGACTAGAGCAGAAATCTGGGGTGTATTTTTTTCCCTTTTCTGTAG
TATCAATCATTTTTTGCCTTTAGGGCCCCAAACTGATGACTTACATGTTAATACACAGAA
TGGCCTATGACTTAGATTTGTATTATCTCTCATTTTATACAGCCATTGACTGGAAATATC
CAAAGATAAATTGTTATACCATTTCTAACTTGAAAGTAAAGAATAGATCTACTTTTGTAA
AGGTCACAGAATGTAGAATTTTGAAGTATATGTACCAAGATACGGAGTATATTCCATTTA
AATTATTTGTGTCAAAGATAAATGTGTGTCTGTTTTGCCCTAAAAAGTACCTTACACATT
CAGTCATTTTTTTCTATCACAAAAGTTCAGTTAAAAAATGATAGGAATTTGGTCATGATG
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TCAGTTCAGAATAGCTTGAATTTTGGTGCACATTTTTTGCTGTTTTAAGACCAAGTTAAA
GTAGCCTTATATCAAAGGTAGCCTTATGTGGAGAGCCTTATTGCAAAGATTTTAGAGTAT
TTAATTTCTAGTATTTTTTCTAGAATTCAGAATCTTGGGTATTTCTGGACATATGTGAAC
TTTGAGACGAGTTCTCTAGTTATGGGTAAAAATACGTTAAGCACACTGAGAATGTCTTTA
CACTNTCAGACATTTGTATTCGTGTTAAGTAAAGTTATACCTCAGTTTTTTTGTTGATTT
TTGTACTGTCATATGATAAAGTTCACAAGTGGATAAATTGCTATGTATGTGTGTGAAGAA
GATACTTGCCTTAAAATAGAGCACTTCTGTTTTGCAAACAGCCTATGGTCAAATCATCTT
TCCAGTGACTCATATATCTGTGTGCCTGGTGACTGTAGGCCTGATAAAGTCCATGGAGGT
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GAACATGTAAAGATTTAATGGAAAAAATTATATGTGTGTTATGTGGCATTTACTGCTAAA
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ACATATAAATGTGCATCAGATATTTAATTAGTGGTTTCTTTAGTCCTTAAGGAAATAATA
TTTTATAAAAAATTTTCGTTATGATGAACATGTATGTATATCTGAAAAAAACCTGTACAA
CCTGACCATTTGAATAGCTAATAA

Aligned organism(s): 6 entry(ies)

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Aligned organism(s): 6 entry(ies)

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               1-407, gnl|bosTau2|chr11 (15254202-15254614)
               

               
               1-407, gnl|Hg17|chr2 (42566821-42566108)
               

               
               1-407, gnl|Mm7|chr17 (81870234-81869825)
               


               
               478-1824, gnl|bosTau2|chr11 (15254600-15255945)
               

               
               478-1824, gnl|Hg17|chr2 (42566417-42564789)
               

               
               478-1824, gnl|Mm7|chr17 (81869833-81868489)

Aligned organism(s): 6 entry(ies)

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PigEST conread start position and end position of the aligned locus,
aligned organism with chromosome (chromosome position)
closely related Artiodactyla cow is linked to the PigEST - Genome Map


               
               1-407, gnl|bosTau2|chr11 (15254202-15254614)
               

               
               1-407, gnl|Hg17|chr2 (42566821-42566108)
               

               
               1-407, gnl|Mm7|chr17 (81870234-81869825)
               


               
               478-1824, gnl|bosTau2|chr11 (15254600-15255945)
               

               
               478-1824, gnl|Hg17|chr2 (42566417-42564789)
               

               
               478-1824, gnl|Mm7|chr17 (81869833-81868489)

Expressed library(ies): 1 entry(ies)

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Expressed library(ies): 1 entry(ies)

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               fcc (0.197785)

Expressed library(ies): 1 entry(ies)

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Short name of the library (expression score),
see https://rth.dk/resources/pigest/download/pigest_kvl_1.0.1/cDNA_names.html for library description


               
               fcc (0.197785)

	1-407, gnl\|bosTau2\|chr11 (15254202-15254614)
	1-407, gnl\|Hg17\|chr2 (42566821-42566108)
	1-407, gnl\|Mm7\|chr17 (81870234-81869825)

	478-1824, gnl\|bosTau2\|chr11 (15254600-15255945)
	478-1824, gnl\|Hg17\|chr2 (42566417-42564789)
	478-1824, gnl\|Mm7\|chr17 (81869833-81868489)